 |
 |
 |
|
Progetti in evidenza
 INCIPIT ISTAPCA Fondo Europeo Pesca Euro-BioImaging Fondazione Veronesi LightDyNAmics INMiND Instruct-IT PRIN eHealthNet Ponrec MFAG Grant MERITCollegamenti
|
 The excited electronic states of adenine-guanine stacked dimers in aqueous solution: A PCM/TD-DFT study (106 visite) Phys Chem Chem Phys (ISSN: 1463-9076, 1463-3907, 1463-9084electronic), 2010; 12(19): 4934-4948. Tipo di articolo: Journal Article, Impact factor: 3.454 Impact factor a 5 anni: 3.859 Parole chiave: Adenine, Guanine, Water, Article, Chemistry, Dimerization, Quantum Theory, Url: http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77951951282&partnerID=40&md5=58cacf41e0f9720b0b1625c8cbffafb2 The excited-state behavior in the Franck-Condon (FC) region of the d(ApG) and d(GpA) dinucleoside monophosphate (A = adenine, G = guanine) is investigated in aqueous solution by means of time-dependent Density Functional Calculations, including solvent effects by the Polarizable Continuum Model and using three different functionals, i.e. PBE0, M052X, and CAM-B3LYP. Our analysis, focussed mainly on the two stacked dimers formed by 9-methyl-adenine and 9-methyl-guanine in the same arrangement as in the B structure of DNA (AG and GA), provides absorption and ECD spectra in very good agreement with their experimental counterparts. The sequence dependence of the dinucleoside excited-state properties is fully reproduced and it is explained on the grounds of the different interactions among the nucleobases' frontier orbitals existing in AG and GA. Our calculations predict that the 9Me-G → 9Me-A charge transfer (CT) excited state is, at least, as stable as the lowest energy bright state of the dimers and that it is more stable than the intra-strand CT state in the (9Me-A)2 stacked dimer. On the other hand, in AG and GA the 9Me-G → 9Me-A CT state is significantly coupled to the dimer bright excited states and deviations from the decay rate predicted on the ground of the Marcus Theory are possible. © 2010 The Owner Societies. *** IBB - CNR *** Istituto per i Processi Chimico-Fisici Del CNR, Area della Ricerca Del CNR, Via Moruzzi, 1, I-56124 Pisa, Italy Scuola Normale Superiore di Pisa, P.zza dei Cavalieri 7, I-56126 Pisa, Italy IBB-CNR, Via Mezzocannone 16, I-80134 Napoli, Italy INSTM-Village, Università Federico II, Complesso Monte S. Angelo, via Cintia, I-80126 Napoli, Italy Watson, J.D., Crick, F.H.C., (1953) Nature, 171, pp. 737-73 Meselson, F., Stahl, F.W., (1958) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 44, pp. 671-682 Tinoco Jr., I., (1960) J. Am. Chem. Soc., 82, p. 4785 Rich, A., Tinoco Jr., I., (1960) J. Am. Chem. Soc., 82, pp. 6409-6411 Clark, L.B., Peschel, G.G., Tinoco Jr., I., (1965) J. Phys. Chem., 69, pp. 3615-3618 Warshaw, M.Y., Tinoco Jr., I., (1965) J. Mol. Biol., 13, pp. 54-77 Warshaw, M.Y., Bush, C.A., Tinoco Jr., I., (1965) Biochem. Biophys. Res. Commun., 18, pp. 633-688 Eisinger, J., Guéron, M., Shulman, R.G., Yamane, T., (1966) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 55, p. 1015 Miller, D.L., Weinstock, M.A., (1994) J. Am. Acad. Dermatol., 30, p. 774 Kraemer, K.H., (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 94, p. 11 Matsumura, Y., Ananthaswamy, H.M., (2002) Front. Biosci., 7, pp. 765-83 Nordlund, T.M., (2007) Photochem. Photobiol., 83, pp. 625-636 Porathi, D., Cuniberti, G., Di Felice, R., (2004) Top. Curr. Chem., 237, pp. 183-227 Crespo-Hernández, C.E., Cohen, B., Hare, P.M., Kohler, B., (2004) Chem. Rev., 104, p. 1977 Middleton, C.T., De La Harpe, K., Su, C., Law, Y.K., Crespo-Hernadez, C.E., Kohler, B., (2009) Annu. Rev. Phys. Chem., 60, pp. 217-47 Markovitsi, D., Talbot, F., Gustavsson, T., Onidas, D., Lazzarotto, E., Marguet, S., (2006) Nature, 441, p. 7 Markovitsi, D., Gustavsson, T., Talbot, F., (2007) Photochem. Photobiol. Sci., 6, p. 717 Onidas, D., Gustavsson, T., Lazzarotto, E., Markovitsi, D., (2007) J. Phys. Chem. B, 111, p. 9644 Markovitsi, D., Onidas, D., Gustavsson, T., Talbot, F., Lazzarotto, E., (2005) J. Am. Chem. Soc., 127, pp. 17130-17131 Schwalb, N.K., Temps, F., (2008) Science, 322, pp. 243-245 Takaya, T., Su, C., De La Harpe, K., Crespo-Hernńdez, C.E., Kohler, B., (2008) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 105, pp. 10285-10290 Miannay, F.-A., Banyasz, A., Gustavsson, T., Markovitsi, D., (2007) J. Am. Chem. Soc., 129, pp. 14574-14575 Schultz, T., Samoylova, E., Radloff, W., Hertel, I.V., Sobolewski, A.L., Domcke, W., (2004) Science, 306, pp. 1765-1768 Schwalb, N., Temps, F., (2007) J. Am. Chem. Soc., 129, pp. 9272-9273 Tonzani, S., Schatz, G.C., (2008) J. Am. Chem. Soc., 130, pp. 7607-7612 Lange, A.W., Herbert, J.M., (2009) J. Am. Chem. Soc., 131, pp. 3913-3922 Bittner, E.R., (2006) J. Chem. Phys., 125, p. 094909 Starikov, E.B., (2003) Philos. Mag. Lett., 83, pp. 699-708 Starikov, E.B., Cuniberti, G., Tanaka, S., (2009) J. Phys. Chem. B, 113, pp. 10428-10435 Serrano-Andrés, L., Merchán, M., Borin, A.C., (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 103, p. 8691 Blancafort, L., (2006) J. Am. Chem. Soc., 128, pp. 210-219 Perun, S., Sobolewski, A.L., Domcke, W., (2005) J. Am. Chem. Soc., 127, pp. 6257-6265 Yamazaki, S., Domcke, W., (2008) J. Phys. Chem. A, 112, pp. 7090-7097 Shukla, M.K., Leszczynski, J., (2008) J. Phys. Chem. B, 112, pp. 5139-5152 Olaso-González, G., Merchán, M., Serrano-Andrés, L., (2009) J. Am. Chem. Soc., 131, pp. 4368-4377 Santoro, F., Barone, V., Gustavsson, T., Improta, R., (2006) J. Am. Chem. Soc., 128, p. 16312 Gustavsson, T., Banyasz, A., Lazzarotto, E., Markovitsi, D., Scalmani, G., Frisch, M.J., Barone, V., Improta, R., (2006) J. Am. Chem. Soc., 128, p. 607 Improta, R., Barone, V., (2004) J. Am. Chem. Soc., 126, p. 14320 Mercier, Y., Santoro, F., Reguero, M., Improta, R., (2008) J. Phys. Chem. B, 112, pp. 10769-10772 Karunakaran, V., Kleinermanns, K., Improta, R., Kovalenko, S.A., (2009) J. Am. Chem. Soc., 131, pp. 5839-5850 Improta, R., Santoro, F., Barone, V., Lami, A., (2009) J. Phys. Chem. A, 113, p. 15346 (1995) Recent Advances in Density Functional Methods, Ed., , M. E. Casida and D. P. Chong, World Scientific, Singapore Adamo, C., Barone, V., (1999) J. Chem. Phys., 110, p. 6158 Ernzerhof, M., Scuseria, G.E., (1999) J. Chem. Phys., 110, p. 5029 Adamo, C., Scuseria, G.E., Barone, V., (1999) J. Chem. Phys., 111, p. 2889 Zhao, Y., Truhlar, D.G., (2008) Acc. Chem. Res., 41, pp. 157-167 Zhao, Y., Schultz, N.E., Truhlar, D.G., (2006) J. Chem. Theory Comput., 2, p. 364 Yanai, T., Tew, D.B., Handy, N.C., (2004) Chem. Phys. Lett., 393, p. 51 Tawada, Y., Tsuneda, T., Yanagisawa, S., Yanai, T., Hirao, K., (2004) J. Chem. Phys., 120, p. 8425 Miertu, S., Scrocco, E., Tomasi, J., (1981) Chem. Phys., 55, p. 117 Tomasi, J., Mennucci, B., Cammi, R., (2005) Chem. Rev., 105, p. 2999 Improta, R., Benzi, C., Barone, V., (2001) J. Am. Chem. Soc., 123, p. 12568 Improta, R., Mele, F., Crescenzi, O., Benzi, C., Barone, V., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, p. 7857 Langella, E., Improta, R., Barone, V., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, p. 11531 Cossi, M., Rega, N., Scalmani, G., Barone, V., (2001) J. Chem. Phys., 114, p. 5691 Cossi, M., Barone, V., (2001) J. Chem. Phys., 115, p. 4708 Cammi, R., Corni, S., Mennucci, B., Tomasi, J., (2005) J. Chem. Phys., 122, p. 104513 Improta, R., Frisch, M.J., Scalmani, G., Barone, V., (2007) J. Chem. Phys., 127, p. 74504 Jalkanen, K.J., Degtyarenko, I.M., Nieminen, R.M., Cao, X., Nafie, L.A., Zhu, F., Barron, L.D., (2008) Theor. Chem. Acc., 119, pp. 191-210 Jalkanen, K.J., Nieminen, R.M., Frimand, K., Bohr, J., Bohr, H., Wade, R.C., Tajkhorshid, E., Suhai, S., (2001) Chem. Phys., 265, pp. 125-151 Han, W.-G., Jalkanen, K.J., Elstner, M., Suhai, S., (1998) J. Phys. Chem. B, 102, pp. 2587-2602 Holmén, A., Broo, A., Albinsson, B., Nordén, B., (1997) J. Am. Chem. Soc., 119, p. 12240 Onidas, D., Markovitsi, D., Marguet, S., Sharonov, A., Gustavsson, T., (2002) J. Phys. Chem. B, 106, p. 11367 Damha, M.J., Ogilvie, K.K., (1988) Biochemistry, 27, pp. 6403-6416 Sussman, J.L., Barzilay, I., Keren-Zur, M., Lapidot, Y., (1973) Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth., 308, p. 189 Lee, C.-H., Ezra, F.S., Kondo, N.S., Danyluk, S.S., Sarma, R.M., (1976) Biochemistry, 15, pp. 3627-3629 Vokáová, Z., Budínský, M., Rosenberg, I., Schneider, B., Poner, J., Sychrovský, V., (2009) J. Phys. Chem. B, 113, pp. 1182-1191 Dreuw, A., Head-Gordon, M., (2005) Chem. Rev., 105, p. 4009 Santoro, F., Improta, R., Lami, A., Bloino, J., Barone, V., (2007) J. Chem. Phys., 126, p. 084509 Santoro, F., Lami, A., Improta, R., Barone, V., (2007) J. Chem. Phys., 126, p. 184102 Lin, N., Santoro, F., Zhao, X., Rizzo, A., Barone, V., (2008) J. Phys. Chem. A, 112, p. 12401 Lin, N., Luo, Y., Santoro, F., Zhao, X., Rizzo, A., (2008) Chem. Phys. Lett., 464, pp. 144-149 Nafie, L.A., (1996) Chem. Phys., 205, pp. 309-322 Vargek, M., Freedman, T.B., Lee, E., Nafie, L.A., (1998) Chem. Phys. Lett., 287, pp. 359-364 Nafie, L.A., (2008) Theor. Chem. Acc., 119, pp. 39-55 Rudolph, M., Autschbach, J., (2008) Chirality, 20, pp. 995-1008 Frisch, M.J., (2009) GAUSSIAN 09, Revision A.02, , Gaussian Inc., Wallingford CT Li, X., Cai, Z., Sevilla, M.D., (2002) J. Phys. Chem. A, 106, pp. 1596-1603 Watson, J. D., Crick, F. H. C., (1953) Nature, 171, pp. 737-73 Clark, L. B., Peschel, G. G., Tinoco Jr., I., (1965) J. Phys. Chem., 69, pp. 3615-3618 Warshaw, M. Y., Tinoco Jr., I., (1965) J. Mol. Biol., 13, pp. 54-77 Warshaw, M. Y., Bush, C. A., Tinoco Jr., I., (1965) Biochem. Biophys. Res. Commun., 18, pp. 633-688 Eisinger, J., Gu ron, M., Shulman, R. G., Yamane, T., (1966) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 55, p. 1015 Miller, D. L., Weinstock, M. A., (1994) J. Am. Acad. Dermatol., 30, p. 774 Kraemer, K. H., (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 94, p. 11 Nordlund, T. M., (2007) Photochem. Photobiol., 83, pp. 625-636 Crespo-Hern ndez, C. E., Cohen, B., Hare, P. M., Kohler, B., (2004) Chem. Rev., 104, p. 1977 Middleton, C. T., De La Harpe, K., Su, C., Law, Y. K., Crespo-Hernadez, C. E., Kohler, B., (2009) Annu. Rev. Phys. Chem., 60, pp. 217-47 Schwalb, N. K., Temps, F., (2008) Science, 322, pp. 243-245 Miannay, F. -A., Banyasz, A., Gustavsson, T., Markovitsi, D., (2007) J. Am. Chem. Soc., 129, pp. 14574-14575 Lange, A. W., Herbert, J. M., (2009) J. Am. Chem. Soc., 131, pp. 3913-3922 Bittner, E. R., (2006) J. Chem. Phys., 125, p. 094909 Starikov, E. B., (2003) Philos. Mag. Lett., 83, pp. 699-708 Starikov, E. B., Cuniberti, G., Tanaka, S., (2009) J. Phys. Chem. B, 113, pp. 10428-10435 Serrano-Andr s, L., Merch n, M., Borin, A. C., (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 103, p. 8691 Shukla, M. K., Leszczynski, J., (2008) J. Phys. Chem. B, 112, pp. 5139-5152 Olaso-Gonz lez, G., Merch n, M., Serrano-Andr s, L., (2009) J. Am. Chem. Soc., 131, pp. 4368-4377 (1995) Recent Advances in Density Functional Methods, Ed., , M. E. Casida and D. P. Chong, World Scientific, Singapore Yanai, T., Tew, D. B., Handy, N. C., (2004) Chem. Phys. Lett., 393, p. 51 Jalkanen, K. J., Degtyarenko, I. M., Nieminen, R. M., Cao, X., Nafie, L. A., Zhu, F., Barron, L. D., (2008) Theor. Chem. Acc., 119, pp. 191-210 Jalkanen, K. J., Nieminen, R. M., Frimand, K., Bohr, J., Bohr, H., Wade, R. C., Tajkhorshid, E., Suhai, S., (2001) Chem. Phys., 265, pp. 125-151 Han, W. -G., Jalkanen, K. J., Elstner, M., Suhai, S., (1998) J. Phys. Chem. B, 102, pp. 2587-2602 Holm n, A., Broo, A., Albinsson, B., Nord n, B., (1997) J. Am. Chem. Soc., 119, p. 12240 Damha, M. J., Ogilvie, K. K., (1988) Biochemistry, 27, pp. 6403-6416 Sussman, J. L., Barzilay, I., Keren-Zur, M., Lapidot, Y., (1973) Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth., 308, p. 189 Lee, C. -H., Ezra, F. S., Kondo, N. S., Danyluk, S. S., Sarma, R. M., (1976) Biochemistry, 15, pp. 3627-3629 Vok ov, Z., Bud nsk, M., Rosenberg, I., Schneider, B., Poner, J., Sychrovsk, V., (2009) J. Phys. Chem. B, 113, pp. 1182-1191 Nafie, L. A., (1996) Chem. Phys., 205, pp. 309-322 Nafie, L. A., (2008) Theor. Chem. Acc., 119, pp. 39-55 Frisch, M. J., (2009) GAUSSIAN 09, Revision A. 02, , Gaussian Inc., Wallingford CT
Esporta in BibTeX Esporta in EndNote Ultima modifica di Marco Comerci in data Wednesday 26 March 2014, 9:29:57 106 visite. Ultima visita in data Tuesday 23 October 2018, 16:54:01 |
Notizie
 Innova S@lute 2017Bambini Liberi progetto coordinato dal Cnr, vince il premio Innova S@lute 2017 (149 visite)  Sperimentato su pazienti pediatrici un esoscheletro personalizzato progettato da ricercatori Cnr (456 visite)SmartCity Radio24-Sole 24 Ore Intervista il Dott. Alessandro Soluri sulla Pocket Gamma Camera (259 visite) Accordo cooperazione tra IBB ed il Dipartimento di Ingegneria Biomedica dell’Università di Pechino (551 visite) Archivio Notizie>>> (746 visite) Innova S@lute 2017Bambini Liberi progetto coordinato dal Cnr, vince il premio Innova S@lute 2017 (149 visite) Sperimentato su pazienti pediatrici un esoscheletro personalizzato progettato da ricercatori Cnr (456 visite)SmartCity Radio24-Sole 24 Ore Intervista il Dott. Alessandro Soluri sulla Pocket Gamma Camera (259 visite) Accordo cooperazione tra IBB ed il Dipartimento di Ingegneria Biomedica dell’Università di Pechino (551 visite) Archivio Notizie>>> (746 visite) Innova S@lute 2017Bambini Liberi progetto coordinato dal Cnr, vince il premio Innova S@lute 2017 (149 visite) Sperimentato su pazienti pediatrici un esoscheletro personalizzato progettato da ricercatori Cnr (456 visite)SmartCity Radio24-Sole 24 Ore Intervista il Dott. Alessandro Soluri sulla Pocket Gamma Camera (259 visite) Accordo cooperazione tra IBB ed il Dipartimento di Ingegneria Biomedica dell’Università di Pechino (551 visite) Archivio Notizie>>> (746 visite) Concorsi
Apparecchiature
Eventi
Altre risorse
|
Webmaster and developer: Marco Comerci
Per problemi e suggerimenti: admin
ibb.cnr.it
Ultimo aggiornamento: Thursday 15 November 2018, 17:18:12
Per problemi e suggerimenti: admin
ibb.cnr.itUltimo aggiornamento: Thursday 15 November 2018, 17:18:12