Ribosomal crystallography: A flexible nucleotide anchoring tRNA translocation, facilitates peptide-bond formation, chirality discrimination and antibiotics synergism(312 views) Agmon I, Amit M, Auerbach T, Bashan A, Baram D, Bartels H, Berisio R, Greenberg I, Harms J, Hansen HAS, Kessler M, Pyetan E, Schluenzen F, Sittner A, Yonath A, Zarivach R
Febs Lett (ISSN: 0014-5793, 0014-5793print, 1873-3468electronic), 2004 Jun 1; 567(1): 20-26.
Keywords: Antibiotics Synergism, Azithromycin, Dual Binding, Peptide-Bond Formation, Positional Catalysis, Ribosome, Synercid, Amino Acid, Antibiotic Agent, Chloramphenicol, Dalfopristin Plus Quinupristin, Macrolide, Messenger Rna, Nucleotide, Streptogramin, Transfer Rna, Troleandomycin, Untranslated Region, Accuracy, Chirality, Conference Paper, Crystallography, Drug Binding, Drug Potentiation, Molecular Interaction, Nonhuman, Polymerization, Priority Journal, Protein Interaction, Protein Synthesis, Rna Transport, Rotation, Anti-Bacterial Agents, X-Ray, Models, Protein Isoforms, Protein Structure, Tertiary, Protein Transport, Substrate Specificity, Virginiamycin,
Affiliations: *** IBB - CNR ***
Department of Structural Biology, Weizmann Institute, 76100 Rehovot, Israel
Max-Planck-Res. U. Ribosomal Struct., 22603 Hamburg, Germany
Inst. of Biostructure and Bioimaging, CNR, 80138 Naples, Italy
References: Schluenzen, F., Tocilj, A., Zarivach, R., Harms, J., Gluehmann, M., Janell, D., Bashan, A., Yonath, A., (2000) Cell, 102, pp. 615-62
Hansen, J.L., Schmeing, T.M., Moore, P.B., Steitz, T.A., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, pp. 11670-11675
Bashan, A., Agmon, I., Zarivach, R., Schluenzen, F., Harms, J., Berisio, R., Bartels, H., Yonath, A., (2003) Mol. Cell., 11, pp. 91-102
Berisio, R., Schluenzen, F., Harms, J., Bashan, A., Auerbach, T., Baram, D., Yonath, A., (2003) Nat. Struct. Biol., 10, pp. 366-370
Berisio, R., Harms, J., Schluenzen, F., Zarivach, R., Hansen, H.A.S., Fucini, P., Yonath, A., (2003) J. Bacteriol., 185, pp. 4276-4279
Harms, J.M., Schluenzen, F., Fucini, Bartels, H., Yonath, A., (2004) BMC Biol., , (in press)
Bashan, A., Zarivach, R., Schluenzen, F., Agmon, I., Harms, J., Auerbach, T., Baram, D., Yonath, A., (2003) Biopolymers, 70, pp. 19-41
Agmon, I., Auerbach, T., Baram, D., Bartels, H., Bashan, A., Berisio, R., Fucini, P., Zarivach, R., (2003) Eur. J. Biochem., 270, pp. 2543-2556
Agmon, I., Bashan, A., Zarivach, R., Yonath, A., (2004), submittedMoore, P.B., Steitz, T.A., (2003) RNA, 9, pp. 155-159
Yonath, A., (2003) Chem. Biol. Chem., 4, pp. 1008-1017
Samaha, R.R., Green, R., Noller, H.F., (1995) Nature, 377, pp. 309-314
Fujiwara, S., Lee, S.G., Haruki, M., Kanaya, S., Takagi, M., Imanaka, T., (1996) FEBS Lett., 394, pp. 66-70
Uhlein, M., Weglohner, W., Urlaub, H., Wittmann-Liebold, B., (1998) Biochem. J., 331, pp. 423-430
Nitta, I., Kamada, Y., Noda, H., Ueda, T., Watanabe, K., (1998) Science, 281, pp. 666-669
Kim, D.F., Green, R., (1999) Mol. Cell., 4, pp. 859-864
Miskin, R., Zamir, A., Elson, D., (1968) Biochem. Biophys. Res. Commun., 33, pp. 551-557
Vogel, Z., Vogel, T., Zamir, A., Elson, D., (1971) J. Mol. Biol., 60, pp. 339-346
Zamir, A., Miskin, R., Vogel, Z., Elson, D., (1974) Methods Enzymol., 30, pp. 406-426
Bayfield, M.A., Dahlberg, A.E., Schulmeister, U., Dorner, S., Barta, A., (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, pp. 10096-10101
Yonath, A., (2002) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 31, pp. 257-273
Dedkova, L.M., Fahmi, N.E., Golovine, S.Y., Hecht, S.M., (2003) J. Am. Chem. Soc., 125, pp. 6616-6617
Green, R., Samaha, R.R., Noller, H.F., (1997) J. Mol. Biol., 266, pp. 40-50
Wower, J., Kirillov, S.V., Wower, I.K., Guven, S., Hixson, S.S., Zimmermann, R.A., (2000) J. Biol. Chem., 275, pp. 37887-37894
Bocchetta, M., Xiong, L., Mankin, A.S., (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, pp. 3525-3530
Porse, B.T., Thi-Ngoc, H.P., Garrett, R.A., (1996) J. Mol. Biol., 264, pp. 472-483
Moazed, D., Noller, H.F., (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, pp. 3725-3728
Auerbach, T., Bashan, A., Harms, J., Schluenzen, F., Zarivach, R., Bartels, H., Agmon, I., Yonath, A., (2002) Curr. Drug Targets - Infect. Disord., 2, pp. 169-186
Cocito, C., Di Giambattista, M., Nyssen, E., Vannuffel, P., (1997) J. Antimicrob. Chemother., 39, pp. 7-13
Allignet, J., Aubert, S., Morvan, A., El Solh, N., (1996) Antimicrob. Agents Chemother., 40, pp. 2523-2528
Malbruny, B., Canu, A., Bozdogan, B., Fantin, B., Zarrouk, V., Dutka-Malen, S., Feger, C., Leclercq, R., (2002) Antimicrob. Agents Chemother., 46, pp. 2200-2207
Nyssen, E., Di Giambattista, M., Cocito, C., (1989) Biochim. Biophys. Acta, 1009, pp. 39-46
Parfait, R., Cocito, C., (1980) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77, pp. 5492-5496
Nakashio, S., Iwasawa, H., Iino, S., Shimada, J., (1997) Jpn. J. Antibiot., 50, pp. 844-853
Parfait, R., Di Giambattista, M., Cocito, C., (1981) Biochim. Biophys. Acta, 654, pp. 236-241
Pereyre, S., Gonzalez, P., De Barbeyrac, B., Darnige, A., Renaudin, H., Charron, A., Raherison, S., Bebear, C.M., (2002) Antimicrob. Agents Chemother., 46, pp. 3142-3150
Chinali, G., Moureau, P., Cocito, C.G., (1984) J. Biol. Chem., 259, pp. 9563-9568
Porse, B.T., Garrett, R.A., (1999) J. Mol. Biol., 286, pp. 375-387
Rodriguez-Fonseca, C., Amils, R., Garrett, R.A., (1995) J. Mol. Biol., 247, pp. 224-235
Hansen, J.L., Moore, P.B., Steitz, T.A., (2003) J. Mol. Biol., 330, pp. 1061-1075
Wittmann, H.G., Stoffler, G., Apirion, D., Rosen, L., Tanaka, K., Tamaki, M., Takata, R., Otaka, E., (1973) Mol. Gen. Genet., 127, pp. 175-189
Wimberly, B. T., Brodersen, D. E., Clemons Jr., W. M., Morgan-Warren, R. J., Carter, A. P., Vonrhein, C., Hartsch, T., Ramakrishnan, V., (2000) Nature, 407, pp. 327-339
Yusupov, M. M., Yusupova, G. Z., Baucom, A., Lieberman, K., Earnest, T. N., Cate, J. H., Noller, H. F., (2001) Science, 292, pp. 883-896
Schmeing, T. M., Seila, A. C., Hansen, J. L., Freeborn, B., Soukup, J. K., Scaringe, S. A., Strobel, S. A., Steitz, T. A., (2002) Nat. Struct. Biol., 9, pp. 225-230
Hansen, J. L., Ippolito, J. A., Ban, N., Nissen, P., Moore, P. B., Steitz, T. A., (2002) Mol. Cell, 10, pp. 117-128
Hansen, J. L., Schmeing, T. M., Moore, P. B., Steitz, T. A., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, pp. 11670-11675
Harms, J. M., Schluenzen, F., Fucini, Bartels, H., Yonath, A., (2004) BMC Biol., , (in press)
Samaha, R. R., Green, R., Noller, H. F., (1995) Nature, 377, pp. 309-314
Kim, D. F., Green, R., (1999) Mol. Cell., 4, pp. 859-864
Bayfield, M. A., Dahlberg, A. E., Schulmeister, U., Dorner, S., Barta, A., (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, pp. 10096-10101
Dedkova, L. M., Fahmi, N. E., Golovine, S. Y., Hecht, S. M., (2003) J. Am. Chem. Soc., 125, pp. 6616-6617
Porse, B. T., Thi-Ngoc, H. P., Garrett, R. A., (1996) J. Mol. Biol., 264, pp. 472-483
Porse, B. T., Garrett, R. A., (1999) J. Mol. Biol., 286, pp. 375-387
Hansen, J. L., Moore, P. B., Steitz, T. A., (2003) J. Mol. Biol., 330, pp. 1061-1075
Porse, B. T., Kirillov, S. V., Awayez, M. J., Garrett, R. A., (1999) RNA, 5, pp. 585-595
Bright, G. M., Nagel, A. A., Bordner, J., Desai, K. A., Dibrino, J. N., Nowakowska, J., Vincent, L., English, A. R., (1988) J. Antibiot., 41, pp. 1029-1047
Wittmann, H. G., Stoffler, G., Apirion, D., Rosen, L., Tanaka, K., Tamaki, M., Takata, R., Otaka, E., (1973) Mol. Gen. Genet., 127, pp. 175-189
Ribosomal crystallography: A flexible nucleotide anchoring tRNA translocation, facilitates peptide-bond formation, chirality discrimination and antibiotics synergism